1、先在宝塔里查看下root用户的密码，复制出来。

2、使用宝塔里面的终端工具连接服务器。

3、连上服务器后，执行下面步骤即可。

#使用root用户进入数据库 输入上面复制的root密码
mysql -u root -p

#使用mysql
use mysql

#更新root用户权限，“%”指的是所有地址都可以访问
update user set Host='%' where User='root';

#最后一步，刷新权限即可
flush privileges; 

4、进入服务器的控制台开放mysql的3306端口。

5、宝塔这边也要开放mysql的3306端口。

6、现在即可用Navicat工具来远程连接数据库了。